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生物安全柜的工作原理主要是将柜内空气向外抽吸，使柜内保持负压状态，通过垂直气流来保护工作人员；外界空气经空气过滤器( high-efficiency particulate air filter, HEPA过滤器)过滤后进入安全柜内，以避免处理样品被污染；柜内的空气也需经过HEPA过滤器过滤后再排放到大气中，以保护环境。
生物安全柜安全级别根据生物安全防护水平的差异，生物安全柜可分为、二级和三种类型。生物安全柜可保护工作人员和环境而不保护样品。其气流原理和实验室通风橱基本相同，不同之处在于排气口安装有HEPA过滤器，将外排气流过滤进而防止微生物气溶胶扩散造成污染。
生物安全柜在使用上要注意什么
生物安全柜是在一些高危实验过程中所需要使用的实验设备，因此在使用过程当中需要。按照他的一些使用方式来进行，否则就会导致它的使用效果不理想。威胁到实验者的人身安全以及对环境会有所污染。一般而言，我们的实验者在使用生物安全柜之前需要详细的阅读，生物安全柜的使用操作指南。这样才能确保在时间的过程当中，生物安全柜按照规定在进行相关的实验，实验的安全。
超净工作台和生物安全柜的主要区别是：
生物安全柜是一种在微生物学、生物、基因重组、动物实验、生物制品等领域的科研、教学、检验和生产中广泛使用的安全设备，也是实验室生物安全中防护屏障中基本的安全防护设备。
生物安全柜是一种负压的净化工作台，正确操作生物安全柜，能够完全保护工作人员、受试样品并防止交叉污染的发生；而超净工作台只是保护操作对象而不保护工作人员和实验室环境的洁净工作台。因此，在微生物学和生物的科研、教学、检验和生产中，应该选择和使用生物安全柜，而不能够选择和使用超净工作台。
超净工作台，为了保护实验材料而设计的，通过风机将空气吸入预过滤器，经由静压箱进入过滤器过滤，将过滤后的空气以垂直或水平气流的状态送出，使操作区域达到百级洁净度，生产对环境洁净度的要求。只能保护样品，不保护操作人员。
从洁净级别看，生物安全柜也比超净工作台。
生物安全柜的操作规范。
1、在使用前先开机自净，并开启紫外线灭菌灯，确保工作区达到百级状态。
2、灭菌时应关闭前窗。
3、工作时前窗开启高度应开启到安全高度，保持区域内的气压正常。
4、工作的台面为304不锈钢，有污染物残时应及时用酒精清理干净，以确保工作台面的使用寿命。
5、开启前窗时还应注意不使设备受到强烈振动，从而保持平板玻璃的完整性。
